Отключить управление активностью разделов при обмене с 1С
в файл init.php
AddEventHandler("iblock", "OnBeforeIBlockSectionUpdate", "skipSectionActivity_If1C");
// не управляем активностью раздела при обмене товарами с 1С
function skipSectionActivity_If1C(&$arParams){
if( $_SERVER["SCRIPT_NAME"] == '/bitrix/admin/1c_exchange.php')
unset($arParams["ACTIVE"]);
}